在踏平半个波士顿之后，怪兽涅墨西斯潜入了深海，但故事才刚刚开始。为了能在它归来之时予以对抗，人类研制出了许多新式设备。果然，怪兽危机很快便在世界各地重演。由于在波士顿事件中表现出色，国土安全部调查员约翰哈德逊肩负起了处理这场新危机的重任。然而他发现，新的怪